Fakültemiz Tıp Eğitimi Programlarını Değerlendirme ve Akreditasyon Derneği Tarafından 01.01.2024 Tarihine Kadar Akredite Edilmiştir.

Haberler

Ana Sayfa > MR T1 Kursu

  • 26-03-2020

MR T1 Kursu

Etkinliğin Adı

Beyin MR T1 görüntülerinde otomatik yöntemler kullanılarak hacim hesaplama ve Voksel tabanlı morfometri kursu

Etkinlik Yürütücüsü

Prof. Dr. Niyazi ACER

Etkinliğin Yapıldığı Yer

Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı

Etkinlik Tarihleri

1 Temmuz-3 Temmuz 2020

Kurs yeri

Erciyes Üniversitesi Teknopark5 kat 2, n:80'de Turkosa Analitik

Düzenleme kurulu

Prof. Dr. Niyazi Acer, Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı, Kayseri

Prof. Dr. Mehmet Bilgen, Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyofizik AB Dalı, Aydın

Prof. Dr. Ahmet Sınav, Biruni Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı, İstanbul

Doç. Dr. Mehmet Turgut ,Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Beyin Cerrahi AB Dalı, Aydın

Doç.Dr. Murat Gültekin, Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim Dalı, Kayseri

Bilim Kurulu

Prof. Dr. Niyazi Acer, Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı, Kayseri

Prof. Dr. Mehmet Bilgen, Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyofizik AB Dalı, Aydın

Prof. Dr. Ahmet Sınav, Biruni Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı, İstanbul

Prof.Dr. Nihal Apaydın, Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi AB Dalı, Ankara

Dr. Serap Gray Bastepe, Johns Hopkins Üniversitesi, Nöroloji anabilim dalı, Baltimore, Amerika

Eğitici listesi

Prof. Dr. Niyazi Acer, Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı, Kayseri

Prof. Dr. Mehmet Bilgen, Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyofizik AB Dalı, Aydın

Prof. Dr. Ahmet Sınav, Biruni Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı, İstanbul

Doç.Dr. Mehmet Turgut Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Beyin Cerrahi AB Dalı, Aydın

Doç.Dr. Murat Gültekin, Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim Dalı, Kayseri

Yerel Düzenleme kurulu

Prof. Dr. Niyazi Acer, Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı, Kayseri

Doç.Dr. Murat Gültekin, Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim Dalı, Kayseri

Doktora Öğrencisi Erdal Kurtoğlu, Erciyes Ü. Sağlık bilimleri Enstitüsü, Kayseri

Yüksek Lisans Öğrencisi Burak Oğuzhan Karapınar, Erciyes Ü. Sağlık bilimleri Enstitüsü, Kayseri

Amaç

Bu etkinliğin amacı kursiyerlere MR T1 görüntülerinin web tabanlı (mricloud ve Volbrain gibi) otomatik yöntemler ve 3d Slicer ve Imfusion gibi programlar kullanılarak görüntülerin açılması, kayıt edilmesi, görüntü isleme yöntemlerinin kullanılması, görüntüler üzerinde beynin 286 bölgeye ayrılması ve her bir bölgenin hacim hesaplanmasının otomatik ve yarı otomatik yöntemler ile nasıl yapılacağının öğretilmesidir. Aynı zamanda MR T1 dataları kullanılarak beyin beyaz cevher, gri cevher ve beyin omurilik sıvısı hacminin hesaplanması, kortikal kalınlık bilgisinin elde edilmesi için voksel tabanlı morfometrik ölçümleri yapan SPM12 ve CAT12 ile hesaplama yapılmasının öğretilmesi ve uygulatılmasıdır.

Kapsam

MR T1 görüntüleme klinikte hastalığın teşhisi ve takibi için rutin olarak yapılmaktadır. Bu çekimlerin bazıları ise volumetrik olup değişik sekanslarda yapılmaktadır. Bilindiği üzere beyin içerisinde çok sayıda önemli yapı bulunmaktadır. Bu yapılardaki hacimsel değişiklikler ise klinikte oldukça önem arz etmektedir. Günümüzde farklı yazılımlar kullanılarak beyin içindeki yapıların hacimleri ölçülmektedir. Bu yazılımların bazıları otomatik bazıları ise yarı

otomatiktir. Bu kursta otomatik olarak kullanılan ve bilimsel geçerliliği tüm dünyada kabul görmüş web tabanlı yazılımlar kullanılarak beyin parselasyon haritaları hazırlanacaktır bu başlık altındaki kursumuz bir gün sürecektir.

Bu kursun diğer kısmında 2 gün sürecek MATLAB tabanlı çalışan bir program olan SPM ile VBM analizinin yapılması amaçlanmıştır. SPM web adresinde kolayca indirilebilen bir yazılım paketidir.  Bu VBM ile amacımız kursiyerlere MR T1 görüntüleri üzerinde SPM12 içinde CAT12 programı kullanılarak görüntülerin açılması, kayıt edilmesi, görüntü isleme yöntemlerinin kullanılması, görüntüler in analiz edilmesi öğretilmesidir. Öngörülen kurs Erciyes Üniversitesi imkanları kullanılarak verilmek üzere iki ana temadan oluşacak biçimde tasarlanmış ve bir gün süresince didaktik ve uygulama içerikli şeklinde planlanmıştır. bu program ile beyin cortical thickness ve beyin beyaz, gri cevher hacimleride hesaplanabilmektedir.

Kursun ilk teması tanıtım, motivasyon ve uygulama ağırlıklıdır ve tam bir gün alacaktır.  Datalar yine katılımcılara Matlab tabanlı Statistical Parametric Mapping (SPM) yazılımı ile işlenecek ve iki grup arasında korteksin beyin içi mekansal lokasyonlarının tespiti yapılacaktır.

Bir gün sürecek bu aktivitede katılımcılara SPM programı tanıtılacak ve bilgisayara yüklenmesi öğretilecektir.  Bunun için katılımcıların her birine kendi getirdikleri laptopta çalışacaklar ve dosyaları kendi bilgisayarlarına kayıt edeceklerdir.  Katılımcıların bilgisayarlarını SPM programını yükleyecekler ve programı çalıştırarak kullanılması, modülleri ve terminolojisi hakkında aşikar duruma geleceklerdir.

Kursun ikinci temasında ise katılımcıların SPM programıyla uygulama yapmaları ve pratik deneyim kazanmaları hedeflenmektedir.  Bu amaçla daha önceden toplanmış ve MRG verilerini katılımcıların tahsis edilen bilgisayarlarını kullanarak analiz etmeleri sağlanacaktır.  Programın aktivasyon olan alanları tespit etmede kullandığı temel prensip ve istatistiksel metodlar anlatılacaktır. beyin cortical thickness (kortikal kalınlık) ve beyin beyaz, gri cevher hacimleri de hesaplaması öğretilecektir.

MRI analizleri için öncelikle Matlab ve SPM12nin yüklenmesi gerekir. Katılımcıların önceden bilgisayarlarına matlab kurdurmaları gerekir. SPM bizim tarafımızdan katılımcılara verilecektir. Daha sonra SPM matlaba tanıtılır ve görüntüler SPM kullanılarak niftii formatında kayıt edilir. Daha sonra kayıt edilen görüntüler prerocessing (ön) ve postprocessing (son) şeklinde analizler yapılacaktır. Bu elde edilen görüntülerin grup analizleri yapılacaktır.

Kurs için herhangi bir etik problem bulunmamaktadır. MR T1 dataları daha önceki çalışmalarda kullanılmış olan datalar olup kişilik haklarına dikkat edilerek kurs gerçekleştirilecektir.

Kurs konuları ve sorumlu öğretim elemanları

Sorumlu Öğrt.Elemanı

Konu

 

Açılış

Prof.Dr. Mehmet Bilgen

Giris; Temel MATLAB bilgileri

Prof.Dr. Mehmet Bilgen

MRG'nin temelleri ve Mr fiziği

Prof. Dr. Ahmet Sınav

Beyin Anatomisi

Doç. Dr. Mehmet Turgut

Beyin cerrahide VBM uygulamları Beyin cerrahisinde hacim hesaplarının ve hesaplamanın önemi

Doç. Dr. Murat Gültekin

Nörolojik hastalıklarda VBM uygulamalar Nörolojik hastalıklarda beyin hacim değişimleri

Prof.Dr.Niyazi Acer

 Web tabanlı yazılımlar kullanarak hacim hesaplama 3D slicer ve Imfusion

Prof.Dr.Niyazi Acer

Matlab ve SPM  gibi Yazılımların yüklenmesi

 

Prof.Dr.Niyazi Acer

VBM e giriş Preprocessing

(Görüntü öne işleme)Postprocessing Grup analizi

 

Kortikal kalınlık ölçümü

 

Verilerin analizi

Prof.Dr.Niyazi Acer

uygulama 

Kurs için gerekli işlemler:

1. Katılımcılar kendi laptopu ile gelecek, laptoplar işletim sistemi Windows olmalıdır. (Bunun için en az 4 GB RAM ve en az 16 GB hafıza olması programın kurulup çalıştırılması için yeterlidir).

2. Katılımcı sayısı en fazla 15 kişi ile sınırlıdır.

3. Katılmak isteyenler aşağıda iletişim bilgisi yazılan olan e-mail adresine atabilirler

4. Katılımcılar Matlab programı kurmak zorundadır.

İletişim

Kurs Düzenleme Kurulu Başkanı

Prof.Dr.Niyazi ACER

Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı

İLETİŞİM: Prof.Dr.Niyazi ACER, Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Anatomi Anabilim Dalı, acerniyazi@yahoo.com, nacer@erciyes.edu.tr GSM:0533 389 96 76

 

Haberler

2020-2021 Yatay Geçiş Sonuçları

Ekleme Tarihi: 23-09-2020

DÖNEM 4 ÖĞRENCİLERİNİN DİKKATİNE

Ekleme Tarihi: 23-09-2020

2020 Kurban Bayram Kutlaması

Ekleme Tarihi: 04-08-2020
Tüm Haberler